Organize Your Mac with File Actionsというエントリーより。
Mac OS X only: Freeware utility File Actions monitors user-defined locations and automatically moves files around your Mac using a set of user-defined rules to keep your Mac organized.
決められたルールに従い、ファイルをフォルダに移動してくれる「File Action」というMac OS X用のソフトがありました。

例えば「デスクトップの.movファイルはムービーフォルダに移動する」といったルールを作ることができます。
これでデスクトップはいつもきれいですね。